配置上，苹果称iPhone SE是史上最牛的小屏手机。新款iPhone SE采用4英寸屏幕，苹果并未提及其分辨率水平，因此应与iPhone 5s保持相同为960*640。
而硬件上iPhone SE则采用与iPhone 6s一代相同的64位A9处理器，原生搭载iOS 9.3;这意味着iPhone SE的理论性能与6s/6s Plus一代相当，而CPU性能二倍于同样为4英寸屏幕的iPhone 5s，GPU性能则三倍于iPhone 5s;iPhone SE还有M9协处理器加入，并支持实时待命的Siri。
