棕色大熊猫是一种较为罕见的大熊猫变种个体。截止2009年，有科学记载以来世界上一共仅发现过五只棕色大熊猫，发现地点均为大熊猫的重要栖息地之一陕西秦岭山脉核心地区。
科学家对这种现象有下面几种推测：第一种认为棕色大熊猫的出现可能是由于影响毛发色素合成的微量元素在秦岭地区的土壤、水源中含量异常，因而影响它的毛发中的黑色素的合成。但如果是这个原因，该地区所产的大熊
猫种群中似乎应该有从黑色到棕色变化的各种毛色的中间类型，但迄今为止尚未发现这样的居间类型;第二种认为棕色的体毛是由于基因突变所引起的，但在自然界由于基因突变而影响毛色的现象出现的概率很低;第三种认为棕色毛色是一种原始的性状，即返祖说;第四种认为这是一种隐性基因纯合的结果，假设体毛的颜色由一对基因来控制，则控制棕色体毛的基因为隐性。
